Wojna doszczętnie zniszczyła Japonię, a Godzilla pogrążyła ją jeszcze bardziej. Minęły dwa lata, a kraj musi zmierzyć się z ogromem tragedii i trudami odbudowy, by powrócić do normalnego życia.
Gdy ludzkość w końcu przywyka do upragnionego pokoju na świecie, pojawia się nowe zagrożenie, a nadzieja pryska jak bańka mydlana.
Trzeciej szansy nie będzie. Wszystko kończy się tutaj.